Temporada
Terceira Temporada
Depois da segunda temporada, a NBC pretendia cancelar a série devido aos baixos índices de audiência. Os telespectadores inundaram a emissora com cartas protestando e pedindo a renovação do programa. A NBC concordou em produzir a terceira temporada e prometeu a Gene Roddenberry que o programa iria ao ar em horário favorável mas mudou a programação e o colocou no chamado "horário da morte": 22hs das sextas-feiras. O orçamento foi também seriamente cortado. O eventual cancelamento era "uma profecia auto-realizável". A temporada final começou em setembro de 1968 com "O Cérebro de Spock". Incluiu também "A Teia dos Tholianos", episódio em que Kirk fica preso entre dois universos. Este episódio seria revisitado em 2005 no episódio "In a Mirror, Darkly", da série "Star Trek: Enterprise". O último episódio da série, "O Intruso", foi exibido em 3 de junho de 1969. Star Trek acabaria por voltar à televisão na forma de animação em setembro de 1973 com "Star Trek: The Animated Series".
Episódios
1. O Cérebro de Spock
1968-09-20
2. O Incidente Enterprise
1968-09-27
3. A Síndrome do Paraíso
1968-10-04
4. Ciranda do Poder
1968-10-11
5. Não Há Beleza Na Verdade?
1968-10-18
6. O Último Duelo
1968-10-25
7. O Dia do Pombo
1968-11-01
8. O Mundo Finito
1968-11-08
9. A Teia dos Tholianos
1968-11-15
10. Os Herdeiros de Platão
1968-11-22
11. O Piscar de um Olho
1968-11-29
12. Jóia Rara
1968-12-06
13. Elaan de Troyius
1968-12-20
14. Castigo dos Deuses
1969-01-03
15. A Última Batalha
1969-01-10
16. A Marca de Gideon
1969-01-17
17. O Sobrevivente
1969-01-24
18. As Luzes de Zetar
1969-01-31
19. Réquiem Para Matusalém
1969-02-14
20. Caminho para o Éden
1969-02-21
21. Os Guardiões das Nuvens
1969-02-28
22. Por Trás da Cortina
1969-03-07
23. Todos os Nossos Ontens
1969-03-14
24. O Intruso
1969-06-03